O Botafogo não tinha tempo a perder após a demissão de Tiago Nunes. O comandada foi avisado do desligamento na quinta-feira, dia seguinte ao jogo, e a partida da volta seria seis dias depois. A solução foi caseira: o auxiliar permanente Fábio Matias.

O paulista apostou no bom relacionamento com o elenco para espantar fantasmas que ainda pairavam pelo ar para despachar o Aurora no Nilton Santos. O próximo adversário foi o RB Bragantino, de nível bem mais superior.

A partida de ida, em casa, foi vencida por 2 a 1, com gols de Júnior Santos. Na volta, em São Paulo, o Alvinegro ficou com um jogador a menos no começo do segundo tempo após a expulsão de Damián Suárez. O time se fechou e abriu o placar com Júnior Santos. O rival diminuiu no fim, mas a equipe segurou a pressão. Primeiro objetivo alcançado.

Já era sabido que John Textor estava atrás de um nome para assumir o comando da equipe, mas Fábio Matias estava em alta. O primeiro jogo da fase de grupos, contra o Junior Barranquilla, foi da empolgação à decepção: um lotado Nilton Santos viu os colombianos vencerem por 3 a 1.

 Dois resultados negativos em dois jogos e a distância para a zona classificação, naquela altura, era de quatro pontos.

O Botafogo emendou três vitórias seguidas e, vivendo novo momento, conseguiu classificação para as oitavas com uma rodada de antecedência após vitória contra o Universitario, no Peru, com gol de Jeffinho. O time terminou a fase de grupos na 2ª colocação, atrás do Junior Barranquilla.

O sorteio colocou Palmeiras no caminho do Botafogo nas oitavas. A partida, além da natural importância da fase mata-mata, envolvia toda uma questão psicológica pela perda do Brasileirão no ano anterior.

Um “novo Botafogo”, com as chegadas de Igor Jesus e Almada no meio do ano, derrotou o rival por 2 a 1 no Rio de Janeiro. A partida em São Paulo parecia estar tranquila após o Alvinegro abrir 2 a 0, mas o clube paulista empatou e até chegou a marcar no fim, mas o gol de Gustavo Gómez foi anulado por um toque de mão.

Ainda com doses cavalares de drama, o Alvinegro bateu o São Paulo nos pênaltis nas quartas de final. O time carioca foi superior na partida de ida, em casa, mas saiu no 0 a 0. No Morumbis, Thiago Almada abriu o placar e Calleri empatou já na reta final da partida. Nos pênaltis, John defendeu a cobrança de Rodrigo Nestor e Matheus Martins confirmou a classificação.

O Peñarol foi batido com mais tranquilidade, apesar da derrota por 3 a 1 em Montevidéu, no jogo da volta. O primeiro tempo do jogo de ida foi tenso, com o time de Artur Jorge caindo na pilha e discutindo bastante, mas a porteira abriu na etapa final: vitória por 5 a 0 e classificação carimbada no Centenario, estádio que a partida foi disputada após tentativa do Ministério do Uruguai de tirar os torcedores visitantes.