Para ajudar no trabalho de prevenção e diagnóstico da covid-19, pesquisadores do Centro Multiusuário de Bioinformática (BioME/IMD) e do Laboratório de Biologia Molecular Aplicada (Laplic/UFRN) propõem novas versões de um dos principais elementos dos testes para identificação da doença, os iniciadores (ou primers), usados nas reações de PCR (Polymerase Chain Reaction). O trabalho foi publicado na Scientific Reports.

Por meio do estudo, os principais primers utilizados em todo o mundo foram avaliados e, em seguida, criados primers inéditos, capazes de aumentar a assertividade das testagens de covid-19, de modo a evitar erros de diagnóstico, como os casos de “falso negativo”.

“Conseguimos desenhar nove conjuntos de primers e sondas – que nada mais são do que ‘pedacinhos’ de DNA utilizados na PCR – que teoricamente são capazes de funcionar na identificação de qualquer variante do SARS-CoV-2 conhecida até então. Isso diminui consideravelmente a chance de erro dos testes da doença”, conta um dos participantes da pesquisa, o professor Daniel Lanza, do Laplic.

Aberto ao público, o artigo científico foi publicado, no último mês, em periódico de um dos maiores veículos científicos do mundo, o Nature, e é fruto do trabalho da mestranda Maria Júlia Davi, do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática (PPG-Bioinfo/IMD), feito a partir de uma parceria entre os professores João Paulo Lima, docente do BioME, Selma Jerônimo, do Instituto de Medicina Tropical do Rio Grande do Norte (IMT/RN), e Daniel Lanza.

Apesar da técnica de PCR já ser amplamente utilizada no mundo – sendo, inclusive, o principal método usado pelo IMT/RN para as testagens de covid-19 –, a novidade trazida pelo estudo reside justamente na versatilidade dos novos primers desenvolvidos pelos pesquisadores.

“Os principais desafios para a identificação continuada do vírus são justamente suas eventuais mutações. Eu posso ter um primer para uma variante do vírus da covid-19, mas quando ele sofre alguma mutação, esse primer pode perder eficiência e meu diagnóstico pode ser impreciso. O que fizemos, então, a partir de um grande banco de dados com sequências genéticas do SARS-CoV-2, foi identificar as regiões no genoma viral que apresentam menor propensão às mutações para, a partir daí, desenhar novos primers específicos, aplicáveis a qualquer variante do vírus conhecida”, explica Lanza.

Todos os primers foram desenhados e testados por bioinformática (in silico) pelos professores João Paulo Lima e Daniel Lanza. Para o trabalho, foram utilizados alinhamentos de milhares de sequências genéticas do SARS-CoV-2 e os primers foram testados contra mais de 211 mil genomas do vírus e suas variantes recentes – tarefa apoiada pelo supercomputador do Núcleo de Processamento de Alto Desempenho (NPAD/UFRN).

“O custo do projeto foi praticamente zero, com exceção dos recursos indiretos oferecidos pela Capes para o pagamento da bolsa de pesquisa da nossa mestranda (Capes – Ação Emergencial). Ou seja, estamos falando de um resultado importante, oriundo justamente do trabalho da UFRN e de um investimento na nossa universidade”, enfatiza Lima.

Deu no Portal da UFRNv